Отдел разнообразия и эволюции геномов

Лаборатория сравнительной геномики (2011-2025)

Трифонов Владимир Александрович
Заведующий лабораторией (2011-2025)

Сотрудники: 

Трифонов Владимир Александрович, дбн
Андреюшкова Дарья Александровна
Билтуева Лариса Семеновна, кбн
Бишани Али
Власов Евгений Вячеславович
Воробьева Надежда Валентиновна, кбн
Дементьева Полина Владимировна, кбн
Кичигин Илья Геннадьевич
Кливер Сергей Федорович, кбн
Лисачева Лада Сергеевна
Модина Светлана Андреевна
Побединцева Мария Алексеевна, кбн
Попова Ксения Олеговна
Румянцев Александр Васильевич
Сарачаков Александр Евгеньевич
Тишакова Катерина Валерьевна
Томаровский Андрей Александрович
Тотиков Азамат Альбертович
Уткин Ярослав Александрович
Яковлев Артём Владимирович

Направления исследований: 
  • Структура добавочных хромосом
  • Хромосомные системы определения пола
Публикации: 

  1. Lisachova LS, Lisachov AP, Ermakov OA, Svinin AO, Chernigova PI, Lyapkov SM, Zamaletdinov RI, Pavlov AV, Zaks SS, Fayzulin AI, Korzikov VA, Simonov E. Continent-wide distribution of CMTV-like ranavirus, from the Urals to the Atlantic Ocean. Ecohealth, 2025, doi: 10.1007/s10393-025-01703-3

  2. Lisachova L, Lisachov A, Romanenko S, Davletshina G, Altmanová M, Rovatsos M, Kratochvíl L, Giovannotti M, Nazarov R, Okshtein I, Trifonov V. Concerted evolution of genus-specific centromeric satellite DNA in Eremias (Lacertidae, Reptilia). Cytogenet Genome Res, 2025, doi: 10.1159/000543883

  3. Модина СА, Куслий МА, Маликов ДГ, Молодцева АС. Филогеография шерстистого мамонта (Mammuthus primigenius) в Минусинской котловине на Юге Сибири в позднем плейстоцене. (doi: 10.18699/vjgb-24-63) Вавиловский журнал генетики и селекции 28(5): 571-577, 2024

  4. Sandoval-Velasco M, ... Kusliy MA, Romanenko SA, Lemskaya NA, Serdyukova NA, Modina SA, Perelman PL, ... Graphodatsky AS, ... Aiden EL. Three-dimensional genome architecture persists in a 52,000-year-old woolly mammoth skin sample. (doi: 10.1016/j.cell.2024.06.002) Cell 187(14): 3541-3562.e51, 2024

  5. Askeyev IV, Askeyev OV, Askeyev AO, Shaymuratova DN, Monakhov SP, Pobedintseva MA, Trifonov VA, Górski K, Schletterer M. Archaeozoology supports a holistic view on fish assessments in large rivers—A case study from the Volga river: From quantitative data and ancient DNA to biodiversity analysis. (doi: 10.3390/w16081109) Water 16(8): 1109, 2024 

  6. Trifonov VA. Book review: Small supernumerary marker chromosomes. Basics. (doi: 10.21926/obm.genet.2402224) OBM Genetics 8(2): 224, 2024

  7. Romanenko SA, Malikov VG, Mahmoudi A, Golenishchev FN, Lemskaya NA, Pereira JC, Trifonov VA, Serdyukova NA, Ferguson-Smith MA, Aliabadian  Mansour, Graphodatsky AS. New data on comparative cytogenetics of the mouse-like hamsters (Calomyscus Thomas, 1905) from Iran and Turkmenistan. In: The Stability and Evolution of Genes and Genomes (eds. Viggiano L, Marsano RM), MDPI, Basel, Switzerland, 2024, pp 56-72 (doi: 10.3390/books978-3-0365-9802-4)

  8. Kononova Y, Adamenko L, Kazachkova E, Solomatina M, Romanenko S, Proskuryakova A, Utkin Y, Gulyaeva M, Spirina A, Kazachinskaia E, Palyanova N, Mishchenko O, Chepurnov A, Shestopalov A. Features of SARS-CoV-2 replication in various types of reptilian and fish cell cultures. (doi: 10.3390/v15122350) Viruses 15(12): 2350, 2023

  9. Romanenko SA, Kliver SF, Serdyukova NA, Perelman PL, Trifonov VA, Seluanov A, Gorbunova V, Azpurua J, Pereira JC, Ferguson-Smith MA, Graphodatsky AS. Integration of fluorescence in situ hybridization and chromosome-length genome assemblies revealed synteny map for guinea pig, naked mole-rat, and human. (doi: 10.1038/s41598-023-46595-x) Sci Rep 13: 21055, 2023

  10. Lisachov A, Tishakova K, Romanenko S, Lisachova L, Davletshina G, Prokopov D, Kratochvíl L, O'Brien P, Ferguson-Smith M, Borodin P, Trifonov V. Robertsonian fusion triggers recombination suppression on sex chromosomes in Coleonyx geckos. (doi: 10.1038/s41598-023-39937-2) Sci Rep 13: 15502, 2023

  11. Kliver S, Houck ML, Perelman PL, Totikov A, Tomarovsky A, Dudchenko O, Omer AD, Colaric Z, Weisz D, Aiden EL, Chan S, Hastie A, Komissarov A, Ryder OA, Graphodatsky A, Johnson WE, Maldonado JE, Pukazhenthi BS, Marinari PE, Wildt DE, Koepfli K-P. Chromosome-length genome assembly and karyotype of the endangered black-footed ferret (Mustela nigripes). (doi: 10.1093/jhered/esad035) J Heredity 114(5): 539-548, 2023

  12. Kusliy MA, Yurlova AA, Neumestova AI, Vorobieva NV, Gutorova NV, Molodtseva AS, Trifonov VA, Popova KO, Polosmak NV, Molodin VI, Vasiliev SK, Semibratov VP, Iderkhangai T-O, Kovalev AA, Erdenebaatar D, Graphodatsky AS, Tishkin AA. Genetic history of the Altai breed horses: from ancient times to modernity. (doi: 10.3390/genes14081523) Genes 14(8): 1523, 2023

  13. Biltueva LS, Vorobieva NV, Lemskya NA, Perelman PL, Trifonov VA, Panov VV, Abramov AV, Kawada S-i, Serdukova NA, Graphodatsky AS. Chromosomal evolution of the Talpinae. (doi: 10.3390/genes14071472) Genes 14(7): 1472, 2023

  14. Томаровский АА, Тотиков АА, Якупова АР, Графодатский АС, Кливер СФ. Обзор способов визуализации гетерозиготности в контексте природоохранных исследований. (doi: 10.17816/ecogen609552) Экологическая генетика 21(4): 383-400, 2023

  15. Тотиков АА, Томаровский АА, Якупова АР, Графодатский АС, Кливер СФ. Обзор методов реконструкции демографической истории популяций в природоохранной биологии. (doi: 10.17816/ecogen120078) Экологическая генетика 21(1): 85-102, 2023

  16. Yakupova A, Tomarovsky A, Totikov A, Beklemisheva V, Logacheva M, Perelman PL, Komissarov A, Dobrynin P, Krasheninnikova K, Tamazian G, Serdyukova NA, Rayko M, Bulyonkova T, Cherkasov N, Pylev V, Peterfeld V, Penin A, Balanovska E, Lapidus A, Consortium DZ, O'Brien SJ, Graphodatsky A, Koepfli K-P, Kliver S. Chromosome-length assembly of the Baikal seal (Pusa sibirica) genome reveals a historically large population prior to isolation in lake Baikal. (doi: 10.3390/genes14030619) Genes 14(3): 619, 2023

  17. Beklemisheva VR, Lemskaya NA, Prokopov DY, Perelman PL, Romanenko SA, Proskuryakova AA, Serdyukova NA, Utkin YA, Nie W, Ferguson-Smith MA, Fentang Y, Graphodatsky AS. Maps of constitutive-heterochromatin distribution for four martes species (Mustelidae, Carnivora, Mammalia) show the formative role of macrosatellite repeats in interspecific variation of chromosome structure. (doi: 10.3390/genes14020489) Genes 14(2): 489, 2023

  18. Lisachov A, Rumyantsev A, Prokopov D, Ferguson-Smith M, Trifonov V. Conservation of major satellite DNAs in snake heterochromatin. (doi: 10.3390/ani13030334) Animals 13(3): 334, 2023

​Публикации за предыдущие годы

Финансирование: 

Гранты РНФ

18-44-04007 Полиплоидная организация геномов и эволюция осетровых (Acipenseridae). Трифонов ВА

14-14-00275 (номер гос. регистрации АААА-А16-116062950046-2) Картирование геномов, сравнительная молекулярная цитогенетика и транскриптомика сибирского осетра (Acipenser baerii) и стерляди (A. ruthenus). Трифонов ВА

 

Гранты РФФИ

20-04-00213 (АААА-А20-120013190042-5) Палеогеномика плейстоценовой фауны Сибири. Воробьева НВ

19-54-26017 Сравнительные и геномные аспекты кариотипической эволюции рептилий. Трифонов ВА

19-14-50532 Полногеномный подход в природоохранной биологии и его перспективы. Кливер СФ

14-04-00467 (номер гос. регистрации 01201451374) Исследование геномов Ластоногих: сравнительный хромосомный пейнтинг морских хищных и создание физической карты высокого разрешения генома байкальской нерпы (Pusa sibirica). Беклемишева ВР

14-04-00723 (номер гос. регистрации 01201451375) Анализ древней ДНК. Доместикация в позднем плейстоцене. Воробьева НВ

12-04-00659 (номер ЦИТиС 01201261452) Сегментные дупликации, вариации числа копий и их связь с эволюцией кариотипов позвоночных и патологиями человека. Трифонов ВА

 

Гранты программ Президиума РАН

1.7.22 (номер ЦИТиС 01201366077) Сравнительная геномика половых и добавочных хромосом позвоночных. Трифонов ВА

Материалы конференций: 

  1. Modina S, Kusliy M, Malikov D, Pavlova N, Pavlov I, Protopopov A, Molodtseva A. Phylogeography of Late Pleistocene woolly mammoths (Mammuthus primigenius) from geographically isolated areas of southern and eastern Siberia. Boof of Abstracts, VII Congress of the Serbian Genetic Society, ISBN 978-86-87109-18-6, p. 58

  2. Yakovlev AV, Molodtseva AS, Malikov DG, Shnaider SV, Kusliy MA. Phylogenetic analysis of the Late Pleistocene-Holocene representatives of several species (Bovidae family) from Central Asia. Boof of Abstracts, VII Congress of the Serbian Genetic Society, ISBN 978-86-87109-18-6, p. 60

  3. Романенко С, Беклемишева В, Перельман П, Андреюшкова Д, Марченко С, Лемская Н, Билтуева Л, Кливер С, Трифонов В, Графодатский А.  Актуальность интеграции данных цитогенетики и сборок геномов хромосомного уровня на примере различных групп позвоночных. (doi: 10.18699/bgrs2024-1.1-07) Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология. Четырнадцатая международная мультиконференция. Тезисы докладов. Новосибирск, ИЦиГ СО РАН, 2024, 2372 с, ISBN 978-5-91291-067-8, с. 23-28

  4. Тотиков A, Томаровский А, Перельман П, Бульонкова Т, Панов В, Консорциум DNA Zoo, Графодатский А, Кливер С. Сборка генома обыкновенной ласки (Mustela nivalis) на уровне C-скаффолдов хромосомной длины. (doi: 10.18699/bgrs2024-1.3-06) Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология. Четырнадцатая международная мультиконференция. Тезисы докладов. Новосибирск, ИЦиГ СО РАН, 2024, 2372 с, ISBN 978-5-91291-067-8, с. 180-185

  5. Модина С, Куслий М, Маликов Д, Павлова Н, Павлов И, Протопопов А, Молодцева А. Филогеография шерстистого мамонта (Mammuthus primigenius) на географически изолированных территориях Восточной Сибири в позднем плейстоцене. (doi: 10.18699/bgrs2024-5.1-08) Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология. Четырнадцатая международная мультиконференция. Тезисы докладов. Новосибирск, ИЦиГ СО РАН, 2024, 2372 с, ISBN 978-5-91291-067-8, с. 884-887

  6. Томаровский A, Тотиков А, Беклемишева В, Перельман П, Сердюкова Н, Бульонкова Т, Сидоров М, Мамаев Н, Охлопков И, Мухачева А, Коняева К, Абрамов А, Графодатский А, Кливер С. Полногеномные данные подтверждают присутствие кроссинговера у гибридов соболя (M. zibellina) и лесной куницы (M. martes). (doi: 10.18699/bgrs2024-5.1-10) Биоинформатика регуляции и структуры геномов / системная биология. Четырнадцатая международная мультиконференция. Тезисы докладов. Новосибирск, ИЦиГ СО РАН, 2024, 2372 с, ISBN 978-5-91291-067-8, с. 891-896

  7. Romanenko S, Lemskaya N, Kusliy M, Serdyukova N, Modina C, Tishakova K, Proskuryakova A, Trifonov V, Pavlov I, Pavlova N, Plotnikov V, Protopopov A, Perelman P, Graphodatsky A. Mammoth nuclei isolation for Hi-C and molecular cytogenetics. The Plant and Animal Genome Conference, 20-22 September 2023, The Westin Perth, Australia. Abstract #51346

  8. Лемская НА, Беклемишева ВР, Романенко СА, Билтуева ЛС, Проскурякова АА, Павлова СВ, Перельман ПЛ, Графодатский АС. Дифференциальное окрашивание гетерохроматина методом CDAG. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 134. Новосибирск, 2023

  9. Лисачева ЛС, Лисачев АП, Романенко СА, Андреюшкова ДА, Давлетшина ГИ, Назаров РА, Трифонов ВА. Эволюция сателлитной ДНК у ящурок (Eremias, Lacertidae). Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 137. Новосибирск, 2023

  10. Модина СА, Куслий МА, Молодцева АС, Маликов ДГ. Филогеография шерстистого мамонта (Mammuthus primigenius) Восточной Сибири в позднем плейстоцене. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с.145. Новосибирск, 2023

  11. Молодцева АС, Модина СА, Яковлев АВ, Алишер кызы С, Абдыканова А, Чаргынов Т, Шнайдер СА. Видовое определение млекопитающих сопровождающих человека на стоянках в горных районах Центральной Азии. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 146-147. Новосибирск, 2023

  12. Томаровский АА, Тотиков АА, Перельман ПЛ, Беклемишева ВР, Сердюкова НА, Бульонкова ТМ, Сидоров М, Мамаев Н, Охлопков И, Мухачева А, Коняева К, Абрамов АВ, Графодатский АС, Кливер СФ. Оценка уровня гетерозиготности соболя (Martes zibellina), лесной куницы (Martes martes) и их гибридов. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 198-199. Новосибирск, 2023

  13. Тотиков АА, Томаровский АА, Перельман ПЛ, Беклемишева ВР, Сердюкова НА, Бульонкова ТМ, Панов ВВ, Мухачева АС, Абрамов АВ, Графодатский АС, Кливер СФ. Оценка уровня гетерозиготности представителей рода Mustela. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 200-201. Новосибирск, 2023

  14. Уткин ЯА. Генетическое разнообразие серебряного карася (Carassius gibelio) Сибири и Дальнего Востока. Материалы международной конференции "Хромосома 2023". с. 206. Новосибирск, 2023

​Материалы конференций за предыдущие годы

Доклады: 

  1. Modina SA. Phylogeography of Late Pleistocene woolly mammoths (Mammuthus primigenius) from geographically isolated areas of southern and eastern Siberia. VII Congress of the Serbian Genetic Society, 2-5 October 2024, Zlatibor, Serbia

  2. Trifonov VA. Лекция “Evolution of Sex determination”. Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil, 26 July 2019

  3. Trifonov V. Origin and evolution of mammalian B chromosomes. 4th B Chromosome Conference. 20-23 July 2019, Botucatu, Brazil

  4. Трифонов ВА. Параллелизм и конвергенция в эволюции половых хромосом позвоночных. VII съезд ВОГиС, посвященный 100-летию кафедры генетики СПбГУ, 18-22 июня 2019, Санкт-Петербург

  5. Trifonov VA. Polyploidy and genome evolution of ray-finned fishes. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  6. Kichigin IG. Studying anolis and gekkota sex chromosomes by isolated chromosome sequencing. Международная конференция Хромосома-2018, 20-24 августа 2018, Новосибирск

  7. Trifonov V. Evolutionary sex chromosome translocations in amniotes. 23rd International Colloquium on Animal Cytogenetics and Genomics, June 9-12, 2018, Saint-Petersburg, Russia

  8. Трифонов ВА. Курс лекций "Фундаментальные и прикладные аспекты сравнительной геномики". Красноярский государственный медицинский университет им. проф. ВФ Войно-Ясенецкого Минздрава России, май 2018

  9. Побединцева МА. Генетическое разнообразие древней и современной стерляди (Acipenser ruthenus) в бассейне Волги. XXV Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых "Ломоносов", 9-13 апреля 2018, Москва

Доклады за предыдущие годы

Международное сотрудничество: 

  • Cambridge Resource Centre for Comparative Genomics, University of Cambridge, UK
    Эволюция кариотипов и половых хромосом рептилий

  • National Cancer Institute at Frederick, MD, USA
    Сравнительная геномика млекопитающих

  • Cornell University, Ithaca, NY, USA
    Сравнительная геномика

  • University of North Carolina at Chapel Hill, NC, USA
    Сравнительная геномика

  • Institut für Humangenetik, Jena, Germany
    Сравнительная геномика

  • Julius-Maximilians-Universität Würzburg, Germany
    Организация геномов и эволюция осетровых

  • Muséum national d'histoire naturelle, Paris, France
    Сравнительная геномика

  • Università degli Studi di Firenze, Florence, Italy
    Сравнительная геномика

  • Università Politécnica delle Marche, Ancona, Italy
    Исследование половых хромосом

  • Kunming Institute of Zoology, China
    Сравнительная геномика

  • Zhejiang Ocean University, China
    Исследование половых хромосом

  • Universidade de São Paulo, Câmpus de Rio Claro, Brasil
    Цитогенетика неотропических рыб

  • Universidade Estadual Paulista, São Paulo, Brazil
    Сравнительная геномика

  • Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brasil
    Исследование неоцентромер

  • Institute for Biological Research "Siniša Stanković", Belgrade, Serbia
    Исследование добавочных хромосом

  • Univerzita Karlova, Praha, Czech Republick
    Сравнительная геномика

Награды: 

Медаль Минобрнауки РФ 
“За вклад в реализацию государственной политики в области научно-технического развития”

Трифонов ВА (2021)

Медаль и премия Европейской академии (Academia Europaea) для молодых ученых

Трифонов ВА (2008)

Премия РАН имени НК Кольцова

Трифонов ВА (2021)

Премия РАН для молодых ученых им. ВЕ Соколова

Трифонов ВА (2005)

Премия СО РАН для молодых ученых им. ДК Беляева

Трифонов ВА (2007)

Памятный знак "За труд на благо города"

Воробьева НВ (2013, 2018)

Трифонов ВА (2023)

Звание “Лучший аспирант РАН”

Дементьева ПВ (2011)

Отдел регуляции генетических процессов

Служебные ссылки