Публикации и материалы конференций Лаборатории геномики

2021

• Bryzgunova O, Bondar A, Ruzankin P, Laktionov Petr, Tarasenko A, Kurilshikov A, Epifanov R, Zaripov M, Kabilov M, Laktionov Pavel. Locus-specific methylation of GSTP1, RNF219, and KIAA1539 genes with single molecule resolution in cell-free DNA from healthy donors and prostate tumor patients: application in diagnostics. (doi: 10.3390/cancers13246234) Cancers 13(24): 6234, 2021

• Романов СЕ, Калашникова ДА, Лактионов ПП. Методы высокопроизводительного репортерного анализа энхансеров. (doi: 10.18699/VJ21.038) Вавиловский журнал генетики и селекции 25(3): 344-355, 2021

• Kalashnikova DA, Maksimov DA, Romanov SE, Laktionov PP, Koryakov DE. SetDB1 and Su(var)3-9 play non-overlapping roles in somatic cell chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1242/jcs.253096) J Cell Sci 134(2): jcs253096, 2021

2020

• Gilbert M, ..., Belyakin S, Yurlova AA, ..., Cleaveland S. Distemper, extinction, and vaccination of the Amur tiger. (doi: 10.1073/pnas.2000153117) Proc Natl Acad Sci USA 117(50): 31954-31962, 2020

• Романов СЕ, Лактионов ПП. Получение направленных делеций в геноме Drosophila melanogaster с помощью системы CRISPR/Cas9. В кн. Методы редактирования генов и геномов (отв. ред. СМ Закиян, СП Медведев, ЕВ Дементьева, ВВ Власов). Новосибирск: Издательство СО РАН, 2020, гл. 9, с. 133-148

• Singh PB, Belyakin SN, Laktionov PP. Biology and physics of heterochromatin-like domains/complexes. (doi: 10.3390/cells9081881) Cells 9(8): 1881, 2020

• Chernonosova VS, Laktionov Petr P, Murashov IS, Karpenko AA, Laktionov Pavel P. Comparative gene expression profiling of human primary endotheliocytes cultivated on polyurethane-based electrospun 3D matrices and natural decellularized vein. (doi: 10.1088/1748-605X/ab7d84) Biomed Mater 15(4): 045012, 2020

2019

• Stepanova AO, Laktionov Petr P, Cherepanova AV, Chernonosova VS, Shevelev GY, Zaporozhchenko IA, Karaskov AM, Laktionov Pavel P. General study and gene expression profiling of endotheliocytes cultivated on electrospun materials. (doi: 10.3390/ma12244082) Materials 12(24): 4082, 2019

• Maksimov DA, Koryakov DE. Binding of SU(VAR)3-9 partially depends on SETDB1 in the chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.3390/cells8091030) Cells 8(9): 1030, 2019

• Novikova OA, Nazarkina ZK, Cherepanova AV, Laktionov Petr P, Chelobanov BP, Murashov IS, Deev RV, Pokushalov EA, Karpenko AA, Laktionov Pavel P. Isolation, culturing and gene expression profiling of inner mass cells from stable and vulnerable carotid atherosclerotic plaques. (doi: 10.1371/journal.pone.0218892) PLoS ONE 14(6): e0218892, 2019

• Singh PB, Shloma VV, Belyakin SN. Maternal regulation of chromosomal imprinting in animals. (doi: 10.1007/s00412-018-00690-5) Chromosoma 128(2): 69-80, 2019

• Antoshina PA, Maksimov DA, Laktionov PP, Romanov SE. The dREAM complex binding on chromosomes of male germline cells during Drosophila spermatogenesis. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 23

• Osipov YA, Kalashnikova DA, Posukh OV, Antoshina PA, Belyakin SN, Singh P. The role of heterochromatin factors in the paternal genome inactivation during the embryogenesis of Planococcus citri. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 26-27

• Romanov SE, Laktionov PP, Belyakin SN. The role of CP190 in genetic regulation of Drosophila spermatogenesis. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 30

• Skrypnik PA, Maksimov DA, Posukh OV, Shloma VV, Belyakin SN, Singh PB. Identification of the CE region in the de novo assembled genome of S. coprophila. International mini-conference "Chromosomes and Mitosis - 2019". Abstracts book (ISBN 978-5-4437-0971-0). Novosibirsk, 2019. p. 33 

2018

• Singh PB, Belyakin SN. L chromosome behaviour and chromosomal imprinting in Sciara coprophila. (doi: 10.3390/genes9090440) Genes 9(9): 440, 2018

• Белякин СН, Максимов ДА. Направленное редактирование генома Drosophila melanogaster. В кн: Редактирование генов и геномов (ред. СМ Закиян, СП Медведев, ЕВ Дементьева, ЕА Покушалов, ВВ Власов). Новосибирск: Издательство СО РАН, 2018, т. 2, гл. 19, с. 177-192

• Laktionov PP, Maksimov DA, Romanov SE, Antoshina PA, Posukh OV, White‑Cooper H, Koryakov DE, Belyakin SN. Genome‑wide analysis of gene regulation mechanisms during Drosophila spermatogenesis. (doi: 10.1186/s13072-018-0183-3) Epigenetics Chromatin 11: 14, 2018

• Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-017-0647-4) Chromosoma 127(1): 85-102, 2018

• Ильин АА, Шлома ВВ, Оленкина ОМ, Ненашева ВВ, Абрамов ЮА, Пиндюрин АВ, Максимов ДА, Лактионов ПП, Белякин СН, Шевелев ЮЯ. Анализ динамики связывания хромосом с ядерной ламиной в ходе сперматогенеза у дрозофилы. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 119-120

• Romanov SE, Posukh OV, Maksimov DA, Belyakin SN, Laktionov PP. In vivo DamID mapping uncovered dynamic CP190 chromatin binding landscape in course of Drosophila spermatogenesis. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 68-69

• Maksimov DA, Laktionov PP, Posukh OV, Belyakin SN, Koryakov DE. Genome-wide analysis of SU(VAR)3-9 distribution in chromosomes of Drosophila melanogaster. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 49

• Maksimov DA, Antoshina PA, Kalashnikova DA, Posukh OV, Belyakin SN. Doublesex protein is associated with gene activation in Drosophila males. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 48

• Laktionov PP, Maksimov DA, Romanov SE, Antoshina PA, Posukh OV, White-Cooper H, Koryakov DE, Belyakin SN. Genome-wide analysis of gene regulation mechanisms during Drosophila spermatogenesis. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 40

• Belyakin SN, Posukh OV, Maksimov DA, Laktionov PP, Koryakov DE. Functional dissection of Drosophila melanogaster SUUR protein influence on H3K27me3 profile. Материалы международной конференции "Хромосома 2018". Новосибирск, 2018. с. 7

2017

• Гайнер ТА, Карамышева ТВ, Каримова ОГ, Корень ОЛ, Шлома ВВ, Шорина АР, Богомолов АГ, Рубцов НБ. Комплексная диагностика хромосомной патологии - деривата хромосомы 4 и малой сверхчисленной маркерной хромосомы. Медицинская генетика 16(12): 9-17, 2017

• Posukh OV, Maksimov DA, Laktionov PP, Koryakov DE, Belyakin SN. Functional dissection of Drosophila melanogaster SUUR protein influence on H3K27me3 profile. (doi: 10.1186/s13072-017-0163-z) Epigenetics Chromatin 10: 56, 2017

• Ilyin AA, Ryazansky SS, Doronin SA, Olenkina OM, Mikhaleva EA, Yakushev EY, Abramov YA, Belyakin SN, Ivankin AV, Pindyurin AV, Gvozdev VA, Klenov MS, Shevelyov YY. Piwi interacts with chromatin at nuclear pores and promiscuously binds nuclear transcripts in Drosophila ovarian somatic cells. (doi: 10.1093/nar/gkx355) Nucleic Acids Res 45(13): 7666-7680, 2017

• Andreyeva EN, Bernardo TJ, Kolesnikova TD, Lu X, Yarinich LA, Bartholdy BA, Guo X, Posukh OV, Healton S, Willcockson MA, Pindyurin AV, Zhimulev IF, Skoultchi AI, Fyodorov DV. Regulatory functions and chromatin loading dynamics of linker histone H1 during endoreplication in Drosophila. (doi: 10.1101/gad.295717.116) Genes Dev 31: 603-616, 2017

• Степанова АО, Лактионов Петр П, Лактионов Павел П. Исследование транскриптома первичных эндотелиоцитов, культивируемых на поверхности микроволокнистых матриксов разного состава. Acta Naturae 9 (Спецвыпуск 1): 79, 2017

• Новикова ОА, Назаркина ЖК, Лактионов Петр П, Покушалова ЕА, Карпенко АА, Лактионов Павел П. Поиск генетических маркеров настабильных атером. Acta Naturae 9 (Спецвыпуск 1): 89, 2017

2016

• Ogneva IV, Belyakin SN, Sarantseva SV. The development of Drosophila melanogaster under different duration space flight and subsequent adaptation to Earth gravity. (doi: 10.1371/journal.pone.0166885) PLoS ONE 11(11): e0166885, 2016

• Maksimov DA, Laktionov PP, Belyakin SN. Data analysis algorithm for DamID-seq profiling of chromatin proteins in Drosophila melanogaster. (doi: 10.1007/s10577-016-9538-4) Chromosome Res 24: 481-494, 2016

• Munzarova A, Popova J, Razuvaeva A, Shloma V, Gatti M, Omelyanchuk L. Accurate measurement of poleward microtubule flux in the spindle of Drosophila S2 cells. (doi: 10.1002/cbin.10638) Cell Biol Int 40: 984-990, 2016

• Куслий МА, Дружкова АС, Попова КО, Воробьева НВ, Макунин АИ, Юрлова АА, Тишкин АА, Миняев СС, Трифонов ВА, Графодатский АС, Дымова МА, Филипенко МЛ. Генотипирование и определение масти древних лошадей Бурятии. Цитология 58: 304-308, 2016

2015

• Posukh OV, Maksimov DA, Skvortsova KN, Koryakov DE, Belyakin SN. The effects of SUUR protein suggest its role in repressive chromatin renewal during replication in Drosophila. (doi: 10.1080/19491034.2015.1074366) Nucleus 6: 249-253, 2015

• Pokholkova GV, Koryakov DE, Pindyurin AV, Kozhevnikova EN, Belyakin SN, Andreyenkov OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Tethering of SUUR and HP1 proteins results in delayed replication of euchromatic regions in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. (doi: 10.1007/s00412-014-0491-8) Chromosoma 124: 209-220, 2015

2014

• Nordman JT, Kozhevnikova EN, Verrijzer CP, Pindyurin AV, Andreyeva EN, Shloma VV, Zhimulev IF, Orr-Weaver TL. DNA copy-number control through inhibition of replication fork progression. (doi: 10.1016/j.celrep.2014.10.005) Cell Reports 9: 841-849, 2014

• Maksimov DA, Koryakov DE, Belyakin SN. Developmental variation of the SUUR protein binding correlates with gene regulation and specific chromatin types in D. melanogaster. (doi: 10.1007/s00412-013-0445-6) Chromosoma 123: 253-264, 2014

• Лактионов ПП, White-Cooper H, Максимов ДА, Белякин СН. Транскрипционный фактор COMR играет роль прямого активатора в генетической программе сперматогенеза у D. melanogaster. (doi: 10.1134/S0026893314010087) Молекулярная Биология 48: 153-165, 2014

• Похолкова ГВ, Коряков ДЕ, Пиндюрин АВ, Андреенков ОВ, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Искусственное привлечение гетерохроматиновых белков SUUR и HP1 в районы открытого хроматина приводит к замедлению движения репликационной вилки. Цитология 56: 677, 2014

• Шевелев ЮЯ, Оленкина ОМ, Абрамов ЮА, Пиндюрин АВ, Максимов ДА, Белякин СН. Построение карт контакта хромосом с ядерной ламиной в герминальных клетках самцов Drosophila melanogaster. Цитология 56: 690, 2014

2013

• Makunin IV, Shloma VV, Stephen SJ, Pheasant M, Belyakin SN. Comparison of ultra-conserved elements in drosophilids and vertebrates. (doi: 10.1371/journal.pone.0082362) PLoS One 8 (12): e82362, 2013

• Kolesnikova TD, Posukh OV, Andreyeva EN, Bebyakina DS, Ivankin AV, Zhimulev IF. Drosophila SUUR protein associates with PCNA and binds chromatin in a cell cycle-dependent manner. (doi: 10.1007/s00412-012-0390-9) Chromosoma 122: 55-66, 2013

• Лактионов ПП, Максимов ДА, Андреева ЕН, Шлома ВВ, Белякин СН. Генетическая система для мечения соматических и герминальных клеточных линий в гонадах Drosophila melanogaster. Цитология 55: 185–189, 2013

• Максимов ДА, Лактионов ПП, Белякин СН. Доменная регуляция экспрессии генов в районах интеркалярного гетерохроматина Drosophila melanogaster. Цитология 55: 190–193, 2013

2012

• Koryakov DE, Pokholkova GV, Maksimov DA, Belyakin SN, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Induced transcription results in local changes in chromatin structure, replication timing, and DNA polytenization in a site of intercalary heterochromatin. Chromosoma 121: 573-583, 2012

• Натальин ПБ, Белякин СН. Современные технологии секвенирования ДНК в эпигенетике. В кн: ред. Закиян СМ, Власов ВВ, Дементьева ЕВ. Эпигенетика. Новосибирск: Изд-во СО РАН, 2012, С. 535-561

2011

• Kolesnikova TD, Semeshin VF, Andreyeva EN, Zykov IA, Kokoza EB, Kalashnikova DA, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Induced decondensation of heterochromatin in Drosophila melanogaster polytene chromosomes under condition of ectopic expression of the Supressor of underreplication gene. Fly 5:3; 181-190, 2011

• Guselnikov SV, Laktionov PP, Najakshin AM, Baranov KO, Taranin AV. Expansion and diversification of the signaling capabilities of the CD2/SLAM family in Xenopodinae amphibians. Immunogenetics 63: 679-689, 2011

2010

• Юрлова АА, Макунин ИВ, Жимулев ИФ. Филогенетический анализ быстро эволюционирующего гена SuUR у насекомых. Генетика 46: 1272-1275, 2010

• Макунин ИВ, Юрлова АА. LTR ретротранспозоны как источник промоторов в геноме дрозофилы. Генетика 46: 1202-1204, 2010

• Жимулев ИФ, Беляева ЕС, Андреева ЕН, Андреенкова НГ, Бабенко ВН, Белякин СН, Болдырева ЛВ, Брусенцова ИВ, Демаков СА, Демакова ОВ, Зыков ИА, Кокоза ЕБ, Колесникова ТД, Максимов ДА, Макунин ИВ, Пиндюрин АВ, Семешин ВФ, Хорошко ВА. Интеркалярный гетерохроматин в геноме дрозофилы. Генетика 46: 1405-1408, 2010

• Babenko VN, Makunin IV, Brusentsova IV, Belyaeva ES, Maksimov DA, Belyakin SN, Maroy P, Vasil'eva LA, Zhimulev IF. Paucity and preferential suppression of transgenes in late replication domains of the D. melanogaster genome. BMC Genomics 11: 318, 2010

• Belyakin SN, Babenko VN, Maksimov DA, Shloma VV, Kvon EZ, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Gene density profile reveals the marking of late replicated domains in the Drosophila melanogaster genome. Chromosoma 119: 589-600, 2010

• Kalverda B, Pickersgill H, Shloma VV, Fornerod M. Nucleoporins directly stimulate expression of developmental and cell cycle genes inside the nucleoplasm. Cell 140: 360-371, 2010

2009

• Yurlova AA, Makunin IV, Kolesnikova TD, Posukh OV, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Conservation of domain structure in a fast-evolving heterochromatic SUUR protein in drosophilids. Genetics 183: 119-129, 2009

• Бабенко ВН, Похолкова ГВ, Кокоза ЕБ, Андреенкова НГ, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулёв ИФ. Особенности молекулярно-генетической организации диска интеркалярного гетерохроматина 10А1-2 Х хромосомы Drosophila melanogaster. Доклады Академии наук 424: 407-410, 2009

2008

• Belyaeva ES, Andreyeva EN, Belyakin SN, Volkova EI, Zhimulev IF. Intercalary heterochromatin in polytene chromosomes of Drosophila melanogaster. Chromosoma 117: 411-418, 2008

• Semeshin VF, Demakov SA, Shloma VV, Vatolina TY, Gorchakov AA, Zhimulev IF. Interbands behave as decompacted autonomous units in Drosophila melanogaster polytene chromosomes. Genetica 132: 267-279, 2008

• Pindyurin AV, Boldyreva LV, Shloma VV, Kolesnikova TD, Pokholkova GV, Andreyeva EN, Kozhevnikova EN, Ivanoschuk IG, Zarutskaya EA, Demakov SA, Gorchakov AA, Belyaeva ES, Zhimulev IF. Interaction between the Drosophila heterochromatin proteins SUUR and HP1. J Cell Sci 121: 1693-1703, 2008

• Волкова ЕИ, Белякин СН, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Распределение разрывов индуцированных хромосомных перестроек по длине хромосом и проблема интеркалярного гетерохроматина Drosophila melanogaster. Генетика 44: 746-751, 2008

• Жимулёв ИФ, Беляева ЕС, Андреенкова НГ, Андреева ЕН, Белякин СН, Болдырева ЛВ, Брусенцова ИВ, Волкова ЕИ, Демаков СА, Демакова ОВ, Заруцкая ЕА, Зыков ИА, Кокоза ЕБ, Колесникова ТД, Комор УА, Коряков ДЕ, Макунин ИВ, Пиндюрин АВ, Похолкова ГВ, Семешин ВФ, Шлома ВВ, Юрлова АА. Ген SuUR – уникальный инструмент для изучения структуры и организации хромосом и генома дрозофилы. Информацинный Вестник ВОГиС 12(1/2): 127-149, 2008

2007

• Pindyurin AV, Moorman C, de Wit E, Belyakin SN, Belyaeva ES, Christophides GK, Kafatos FC, van Steensel B, Zhimulev IF. SUUR joins separate subsets of PcG, HP1 and B-type lamin targets in Drosophila. J Cell Sci 120: 2344-2351, 2007

• Посух ОВ, Юрлова АА, Беляева ЕС, Жимулев ИФ. Система для выделения комплексов хромосомного белка SUUR Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук 416: 550-554, 2007